L’église actuelle est dédiée à Saint Germain d’Auxerre lors de son transfert à Villeron aux environs de 1530 au bout de l’allée aujourd’hui dite « des Tilleuls ».
En 1877, François de Guilhermy y relève dix-huit pierres tumulaires, soit sept tombes de prêtres, neuf de fermiers-laboureurs et de leurs familles et celles de deux épouses de seigneurs. Après 350 ans de bons et loyaux services ce bâtiment mal fondé puis mal entretenu s’effondre en 1879.
L’église actuelle a été reconstruite sur le site actuel à partir de 1882 mais dès 1972 sa structure montre à nouveau des signes de faiblesse et des travaux urgents deviennent indispensables. Le co-financement par la commune, le département et une collecte auprès des paroissiens permet de réaliser les travaux de maçonnerie, de charpente et de couverture. Ils sont officiellement terminés le 8 octobre 1975.
